Bei der Römisch-katholischen Kirche hat Basel einen besonderen Stellenwert als Sitz des Bischofs des flächenmässig grössten Bistums der Schweiz. Dennoch verfügt die Römisch-katholische Landeskirche Basel-Stadt keineswegs über Geld im Überfluss, eher im Gegenteil.

Es sind hauptsächlich zwei Standortfaktoren, welche es nicht nur der Römisch-katholischen Kirche sondern auch der Evangelisch-reformierten Kirche Basel-Stadt schwer machen.

In der Bundesverfassung der Schweiz wurde nur für natürliche Personen die Religionsfreiheit ausdrücklich festgelegt. Man dachte zur damaligen Zeit noch gar nicht an Unternehmens-Kirchensteuern, so dass sich aus der Verfassung keine Festlegung zu den Unternehmens-Kirchensteuern ableiten lässt, da auch später sich nie eine Mehrheit fand dies zu Präzisieren. Und da die kirchlichen Angelegenheiten vollumfänglich vom Bund an die Kantone delegiert sind, wurde auch nie ein nationales Kirchengesetz erlassen. Im Endeffekt besteht im Schweizerischen Recht somit eine Lücke betreffend Unternehmens-Kirchensteuern. Dies haben fast alle Kantone ausgenutzt und eine kantonale Kirchensteuer für Firmen eingeführt.

In der Deutschschweiz haben lediglich die vier Kantone Basel-Stadt, Schaffhausen, Appenzell-Ausserrhoden und Aargau darauf verzichtet eine Kirchensteuer für juristische Personen einzuführen. Da auch staatlicherseits (anders als beispielsweise in Bern oder St. Gallen) nur relativ geringe Beträge aus allgemeinen Steuereinnahmen an die Kirchen fliessen, haben die Landeskirchen Basel-Stadt praktisch nur das Geld zur Verfügung, welches von den Privatpersonen bezahlt wird. Bis vor wenigen Jahren zogen die Landeskirchen die Kirchensteuern eigenständig ein, was die Aufmerksamkeit auf die Kirchensteuern noch erhöhte. Nun werden wie in allen anderen Kantonen die Kirchensteuern vom Staat eingezogen zusammen mit den anderen Steuern, womit die Kirchensteuern nicht mehr eine separate Einzahlung bedingen.

Seit Jahrzehnten ist zu beobachten, dass in urbanen Gegenden die Zahl der Kirchenaustritte höher ist als in ländlichen Gegenden. Weil Basel-Stadt als städtischer Halbkanton praktisch nur aus einer urban geprägten Bevölkerung besteht, gehört schon seit langem Basel-Stadt zu den Kantonen mit dem geringsten Anteil an Landeskirchen-Mitgliedern in der Gesellschaft. Entsprechend gering sind dann die Kirchensteuer-Einnahmen. Zwar sind dann auch weniger Mitglieder zu betreuen, aber etliche Fixkosten wie bei den Gebäuden fallen unabhängig von der Anzahl Kirchenmitglieder an.

Aus diesen speziellen Faktoren im Halbkanton Basel-Stadt resultieren dann die höchsten zu bezahlenden Kirchensteuer-Beträge in der Schweiz. Dies wirkt sich wiederum negativ auf die Anzahl Personen aus, welche bereit sind diesen Betrag zu entrichten. Die Römisch-katholische Kirche und die Evangelisch-reformierte Kirche Basel-Stadt weisen nun jeweils noch etwa 15 Prozent Bevölkerungs-Anteil auf, wobei die Tendenz nach wie vor sinkend ist. Und mit über drei Prozent Kirchenaustritte bei den Kirchenmitgliedern ist die Zahl der jährlichen Austritte aus der Kirche nach wie vor hoch.